Výzkum je zaměřen především na dynamiku pohybu skleníkových plynů v mezní vrstvě atmosféry, povahu a dynamiku uhlíkového cyklu ekosystémů, vliv GC na kontrolované ekosystémy, predikci klimatu v regionálním měřítku a hodnocení sociálních dopadů globálních změn včetně predikce řízení rizik.

Moderní vědecko-výzkumnou infrastrukturu, jejíž převážná část byla vybudována z prostředků EU v rámci Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace „CzechGlobe – Centrum pro studium dopadů globální změny klimatu“ představuje: Síť ekosystémových stanic pro dlouhodobé a přesné sledování toků skleníkových plynů mezi biosférou a atmosférou; Letecká laboratoř dálkového průzkumu Země pro procesní zobrazování uhlíkového cyklu; Atmosférická stanice Křešín u Pacova, která slouží jako národní monitorovací místo výskytu a dálkového přenosu skleníkových plynů; Systémy dlouhodobých dopadových experimentů umožňující vyhodnocení očekávaných dopadů globální změny na metabolismus, fyziologii a rostlinnou produkci, zahrnující 24 kultivačních komor na Domanínku a kultivační lamelové minikopule na Bílém Kříži; Centrální fyziologická, izotopová a metabolomická rostlinná laboratoř pro studium procesů asimilace uhlíku. Součástí Infrastruktury Centra excelence CzechGlobe je také Kabinet socioekonomických studií zaměřených na dopady důsledků globální změny klimatu.