Posláním ČSMS je rozvíjet a prosazovat standardy v oboru, poskytovat koncepční prognózy a hodnocení, a také propagovat výsledky výzkumu v daném oboru. ČSMS má více než 300 členů a je aktivním členem Evropské mikroskopické společnosti (EMS) a Mezinárodní federace mikroskopických společností (IFSM). Spolupracuje také s dalšími národními a mezinárodními organizacemi s podobnými cíli. Zcela nedávno ČSMS představila vznik nové skupiny mladých mikroskopiků (yCSMS). Jedná se o dynamické seskupení nadšenců pro mikroskopii, které zahrnuje studenty a začínající vědce s vášnivým zájmem o mikroskopii.